تُعرف كفاءة استخدام المياه بأنها كمية المياه المستخدمة لإنتاج واحد كيلو جرام من المحصول. لذا، كلما قلت كمية المياه المستخدمة في إنتاج واحد كيلو جرام من المحصول، كان ذلك مؤشر علي كفاءه التقنيات المستخدمة داخل البيت المحمى في توفير المياه و الطاقة. كذلك يمكن تحقيق مستوى أفضل من كفاءة استخدام المياه من خلال زيادة الإنتاجية لكل متر مربع أو عن طريق تقليل كمية المياه المستخدمة في المتر المربع. و أظهرت الدراسات ان التحول من البيوت المحمية البلاستيكية إلى البيوت المحمية متوسطة التقنية يؤدي الي تحسن كفاءة استخدام المياه عن طريق الحد من استهلاك المياه لأغراض التبريد مع تحقيق زيادة نسبية في معدلات الإنتاجية. اما على مستوى البيوت المحمية عالية التقنية (التبريد باستخدام مكيفات الهواء) فمن الممكن تحسين معدلات الإنتاجية بنسب أعلى من ذلك حيث يتم توفير المياه المستخدمة لأغراض التبريد، مع اعادة تجميع كميات كبيرة من المياه الناتجة عن النتح وإعادة استخدامها.